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El mineral hidroxiapatita, también llamado hidroxiapatito, está formado por fosfato de calcio cristalino (Ca₁₀(PO₄)₆(OH)₂) y representa un depósito del 99% del calcio corporal y 80% del fósforo total. El hueso desmineralizado es conocido como osteoide. Constituye alrededor del 60-70% del peso seco del tejido óseo, haciéndolo muy resistente a la compresión. El esmalte que cubre los dientes contienen el mineral hidroxiapatita. Ese mineral, muy poco soluble, se disuelve en ácidos, porque tanto el PO₄^3- como el OH^- reaccionan con H⁺:

Ca₁₀(PO₄)₆(OH)₂ + 14H⁺ ⇌ 10Ca²⁺ + 6H₂PO₄^- + 2H₂O

Las bacterias que causan el deterioro se unen a los dientes y producen ácido láctico a través del metabolismo del azúcar. El ácido láctico disminuye el pH en la superficie de los dientes para menos de 5. Cuando el pH es inferior a 5.5, la hidroxiapatita comienza a disolver y ocurre el deterioro de los dientes. El ion fluoruro inhibe el deterioro de los dientes, formando apatita fluorada, Ca₁₀(PO₄)₆F₂, que es menos soluble y más resistente a ácidos que la hidroxiapatita.

Se utiliza en biología, en técnicas de electroforesis, para diferenciar ADN de ARN y hélices de doble hebra (DNAds), de sencillas (DNAss). Dado que la hidroxiapatita retiene exclusivamente ADN bicatenario. También retiene hélices híbridas de DNA-RNA.

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